Кира Георгиевна Муратова родилась в  городке Сороки, Бессарабия, ныне — Молдавия.  Девичья фамилия — Короткова.
Училась в 1952-53 на филологическом факультете МГУ. В 1962 окончила ВГИК (мастерская С. А. Герасимова). Уже в самых ранних (более традиционных, реалистических, даже бытовых) картинах Муратовой — дипломная работа «У Крутого Яра» (1962) и первая полнометражная лента «Наш честный хлеб» (1965) (обе сделаны в соавторстве с А. Муратовым) — теперь не без изумления можно обнаружить немало примет личного муратовского стиля. Это свидетельствует о том, что Муратова в своем творчестве, несмотря на видимую разнородность своих работ, остается удивительно цельным художником и, может быть, единственная из этого поколения наших кинематографистов, сохраняет вкус новизны и новаторства, неожиданного подхода к материалу. Ее первый самостоятельный фильм «Короткие встречи» (1968, Муратова также исполнила в нем главную женскую роль) во многих смыслах является переходным, избавляющимся от необходимости фабульного, линейного и психологически заданного повествования благодаря включению внесюжетных лирико-поэтических отступлений, а также из-за более явного пристрастия режиссера к отстраняющим приемам как изобразительного, так и словесного плана. Потом в специальном постановлении ЦК компартии Украины относительно картины «Долгие проводы» (1971, ее выпуск был приостановлен, появилась на экранах только в 1987, премия ФИПРЕССИ на Международном кинофестивале в Локарно) это будет названо формализмом и идолопоклонством, подражанием западным режиссерам, начиная с Антониони и кончая чешской «новой волной» (Милош Форман и Вера Хитилова).
Она всегда стремилась обнаружить свежим и острым взглядом в окружающем мире то, что в нем не замечают другие. В годы застоя Муратова преследовалась исключительно за то, что ни она сама, ни ее герои никак не могли вписаться в тогдашние представления о том, какие же должны быть люди на экране. По сравнению с работами среднего («Познавая белый свет», 1979; «Среди серых камней», 1983; «Перемена участи», 1987) и позднего периодов («Астенический синдром», 1989, премия «Ника»; «Чувствительный милиционер», 1992; «Увлеченья», 1994, премии «Ника»; «Три истории», 1996) две первые ленты Муратовой «Короткие встречи» и «Долгие проводы» производят редкостное ностальгическое впечатление, как будто (в первую очередь это относится к «Долгим проводам») начинаешь воспринимать их как собственную биографию. Мелодрама на тему «мать и сын» о неизбежной разлуке и желании ее отодвинуть как можно дальше порождает подспудное ощущение конца эпохи, безысходности и вселенской тоски.
Для самой Муратовой эта пора действительно стала временем долгого, мучительного ожидания-прозябания. Ее следующая работа с неожиданно светлым названием «Познавая белый свет» могла появиться только за пределами Одессы — в Ленинграде, а наиболее мрачная, серая погода настала в первой половине 1980-х годов, что и зафиксировано в самой сумеречной картине Муратовой «Среди серых камней». Подспудный конфликт в творчестве Муратовой, вероятно, заключается прежде всего в трактовке конкретного материала и вообще действительности. Оставаясь по своей человеческой сущности глубочайшим мизантропом, она тем не менее пытается в себе эту мизантропию преодолеть. Название центральной по хронологии творчества и действительно важной для режиссера картины «Астенический синдром» в какой-то степени поясняет, что художник поневоле должен пребывать в состоянии повышенного нервного напряжения, чтобы попытаться выразить упрямо не поддающуюся запечатлению, такую внешне сумбурную и косноязычную реальность. Эта лента, созданная с удивительным бесстрашием и художнической независимостью, даже демонстративно распадается на не стыкующиеся три части, да и внутри дробится на причудливо рассыпанную мозаику, которая не воспринимается адекватно по отдельным кусочкам или кадрам, а воздействует, будучи собранной воедино, уже в сознании активно воспринимающего зрителя.
И порой кинематограф Муратовой оказывает настоящий терапевтический эффект, как, допустим, фильмы «Чувствительный милиционер» или «Увлеченья». Это удивительно жизнерадостные ленты, в которых присутствует та Муратова, какой она, наверно, хотела бы быть. Там от ее мизантропии не остается и следа. Настолько это сделано легко и с юмором, может быть, порой и с издевкой, злой иронией. Тем не менее картины удивительно светлые и увлеченные. Название «Увлеченья» невероятно точно, поскольку Муратова в своем творчестве остается на протяжении почти 40 лет удивительно увлеченным художником. Можно по-разному относиться к людям, которых называют фанатиками. Принято считать их чудаками, одержимыми, странными. Но эти увлеченные люди, которых показала режиссер в «Увлеченьях», должны быть ей близки, так как она сама, по своей сути, является на редкость увлечена кино. И иногда совсем увлекаясь, Муратова преодолевает в себе мрачное отношение к действительности вообще и к людям, в частности, — тогда у нее получаются светлые, забавные, лиричные картины.
Когда же Муратова находится по каким-то житейским обстоятельствам в подавленном состоянии, то это отражается на ее работах. Особенно это было ощутимо в период создания «Среди серых камней». Были свои причины, по которым в этом фильме Муратова отказалась от авторства и демонстративно взяла мужской псевдоним Иван Сидоров. Но фигурируя в этом качестве, она здесь наиболее не равна себе. «Три истории» — тоже особо мрачная картина. Муратова была права, говоря, что ничего особенного не изобрела, а жизнь еще хуже, чем мы ее показываем. Но «Три истории» сделаны абсолютно равнодушно, нейтрально. И этот тон задан в самом начале, когда герой Сергея Маковецкого проходит мимо зоопарка. Если в фильме и есть какое-то любопытство художника, то, как у посетителя кунсткамеры или зоопарка. И в гениальном аттракционе, когда кошка мучает курицу, чувствуется равнодушное наблюдение со стороны, чего не было у Муратовой раньше, даже в самых мрачных ее картинах. В трех своих фильмах — «Среди серых камней», «Перемена участи» и «Три истории» — режиссер действительно проявляет наибольшую злость по отношению к фактуре и действительности, нежели в других лентах (особенно «Короткие встречи», «Долгие проводы» и «Познавая белый свет»), которые выражают ее более человеческие стороны творчества. И не случайно именно в них прием укрощения фактуры становится главным. Муратовой настолько уже нравится играть с материалом, что она забывает о самом материале. Он тут становится абсолютно неважным — то есть в этих картинах режиссер проявляет себя в большей степени уже как истинный формалист.